Danke für den Exkurs. Habe mich nun mal eingehend mit der Materie beschäftigt die letzten Tage. Eigentlich kann ich nun nicht mehr genau sagen was mit einiger meiner MP3 (leider eben vor allem die seltenen Klassiker die man von Freunden gesammelt hat) im Laufe der Jahre so alles passiert ist, wer es wann wodurch und welches Tool gejagt hat usw. Wenn zwischendurch die Tags gelöscht wurden usw. lässt sich das eh nie mehr zurückverfolgen oder reparieren.
Immerhein ein Bekannter hat gestanden alles auf 98 dB!!! mit MPGain “hochgepusht” zu haben. Dann irgendwann auch mal wieder die Tags erneuert bzw. gelöscht. Wenn man so ein MP3 wieder auf 89 dB herunter regelt, sind die Pegelspitzen des Songs für immer beschädigt und auch die Verzerrungen sind irreparabel - halt nur leiser 
aber eben vorhanden und natürlich hässlich hörbar - mal mehr mal weniger.
Ich habe nun experimentiert mit frisch gerippten CDs (ohne jegliche Normalisierung gerippt usw). Diese MP3 Songs wurden dann je zweimal kopiert und dann eine Kopie in MP3Gain und in eine Kopie Foobar2000 auf 89 dB gebracht.
Beide Programme bieten die Funktion diese Daten fest in den Datenstrom des MP3 einzuflechten (also nicht in den Tags!). So wie Du es schon beschrieben hattest. Foobar2000 kann das auch seit einigen Versionen.
Wenn man danach alle Tags (bzw. die ReplayGain Tags) löscht, lässt sich das natürlich nicht mehr widerrufen. Das will ich aber auch gar nicht. 89 dB ist tatsächlich der beste Wert um nahezu alle Songs der Welt (naja fast alle) ohne Verzerrungen und Clipping zu hören. Selbst 91 dB ist zu viel, bei vielen Songs gehts noch aber im Gesamtkontext einer Sammlung sind dann zuviele mit Clipping darunter. Also sollte man sich wirklich streng an die 89 dB halten - auch wenn es erstmal sooooo leise klingen mag.
Durch das löschen aller Tags (bzw. nur der ReplayGain Einträge) kann man die 89 dB Geschichte natürlich nicht mehr widerrufen. Das macht aber nichts, das will ich auch genau so haben.
Die Unterschiede zwischen MP3Gain und Foobar sind vernachlässigbar. Beide errechnen fast identische dB Werte. (Bei Foobar kann man das allerdings nicht mehr widerufen, da es keine UNDO Tags schreibt). Was mir aber ja egal ist, da die Sammlung eh immer auf 89 dB bleiben soll.
Folge des Ganzen:
Da ich nicht mehr nachvollziehen kann welche MP3 nun wirklich beschädigt sind (bei den meisten ist beim auflegen zum Glück alles glasklar im Gegensatz zu einigen Kollegen) werde ich eine neue Sammlung beginnen. Nach und nach also nochmal alle CDs einlesen und nur noch MP3 aus absolut sicheren Quellen in die Sammlung aufnehmen. Ein bisschen verrückt muss man halt sein wenn man so ein Hobby hat